用PCB Navigator 5.0更新PADS 2005 SP2 PCB 问题

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用Capture CIS 10.3的原理图，通过PCB Navigator 5.0更新PADS 2005 SP2 PCB后，PCB的叠层关系也被更改了，这样很不方便，请问各位大虾：用Capture CIS 画的原理图是怎样更新PADS PCB的网表的？因为有些FPGA器件在画板时需要多次修改网表的连接关系。